1、很難避免非法侵擾。網(wǎng)絡(luò)是一個開放的環(huán)境，在這個環(huán)境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的，除非它們在物理上斷開連接。因此，網(wǎng)絡(luò)下的會計信息系統(tǒng)很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵擾，一旦發(fā)生將造成巨大的損失。

　　2、電子商務(wù)給內(nèi)部控制出難題。隨著電子商務(wù)的迅猛發(fā)展，網(wǎng)上交易愈加普遍，可以想象在不久后企業(yè)的全部原始憑證都將成為數(shù)字格式，這加強了企業(yè)對網(wǎng)上公證機構(gòu)的依賴。但直到目前相應(yīng)的技術(shù)和法規(guī)還遠沒有達到完善，這也給系統(tǒng)的內(nèi)部控制造成困難。

　　3、內(nèi)部稽核難度加大。若要信息系統(tǒng)進行審核，則必須克服下列幾項問題：企業(yè)可能會擔心相關(guān)內(nèi)部資料暴露于外，影響其競爭能力；稽核必須運用更復雜的查核技術(shù)，會計師必須培訓具備復雜電腦資料處理能力，定能勝任此項工作；稽核將大幅增加查核所需的時間與成本。

　　4、網(wǎng)絡(luò)環(huán)境下無形資產(chǎn)轉(zhuǎn)移難以控制。無形資產(chǎn)是一種動態(tài)資產(chǎn)，如人力資產(chǎn)的轉(zhuǎn)移無須借助外界的力量即可發(fā)生，在利益機制的驅(qū)使下在網(wǎng)上很容易轉(zhuǎn)移。